Mārupes novada pašvaldības Salas sākumskola dibināta kā Rīgas rajona Salas pamatskola (1.klase) 1990.gada 1.septembrī uz 1990.gada 20.aprīlī atklātā Rīgas rajona kolhoza (vēlāk – akciju sabiedrības) bērnudārza „Pīlādzītis” bāzes. Pirmā iestādes vadītāja bija Lolita Kadakovska. Dibināšanas dienā L.Kadakovska un kolhoza priekšsēdētājs Edgars Bāns pie izglītības iestādes vārtiem iestādīja simbolisko un mums tik mīļo pīlādžkoku.

Kopš 1992.gada 12.marta skola darbību turpina kā Salas pagasta augošā pamatskola. Mainās iestādes vadītājs, par skolas direktoru kļūst Valts Sarma. Sākot ar 1999.gada 27.oktobri skolas nosaukums bija Salas pamatskola. Par skolas direktori kļuva Skaidrīte Brūdere. Vēlāk – Daina Krūmiņa, kas skolu vadīja teju 10 gadu.

2009.gada 26.martā Rīgas rajona Salas pagasta padome lēma par Salas pamatskolas reorganizāciju, ar 2009./2010.m.g. Salas pamatskolā īsteno pamatizglītības programmu izglītojamiem no pirmās līdz septītajai klasei. 2009.gada 22.jūlijā, pamatojoties uz Babītes novada domes saistošiem noteikumiem Nr.1 „Babītes novada pašvaldības nolikums” (par pašvaldības teritoriālo dalījumu un pašvaldības padotībā esošās iestādes), mainās Salas pamatskolas juridiskā adrese: „Pīlādzīši”, Spuņciems, Salas pagasts, Babītes novads, LV-2105.

Ar 2010.gada 26.maija Babītes novada pašvaldības domes lēmumu, prot.Nr.6, 20., vēlreiz mainās skolas statuss – Babītes novada pašvaldības Salas sākumskola, kas īsteno 1.-6.klašu programmu.

2016.gada augustā skolas direktora amatu ieņem Nensija Priedīte.

2021.gada administratīvi teritoriālās reformas rezultātā, Babītes novads tiek pievienots Mārupes novadam, skolas nosaukumam mainoties uz Mārupes novada pašvaldības Salas sākumskola.